Рибопереключатель лизина - Lysine riboswitch

Рибопереключатель лизина
RF00168.jpg
Предсказанный вторичная структура и сохранение последовательности рибопереключателя лизина
Идентификаторы
СимволЛизин
РфамRF00168
Прочие данные
РНК типСнг; рибопереключатель
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000035
PDB структурыPDBe

В Рибопереключатель лизина является связывающим метаболитом Элемент РНК найдено в определенных информационные РНК которые служат точным датчиком для аминокислоты лизин. Аллостерическая перестройка структуры мРНК опосредуется связыванием лиганда, и это приводит к модуляции экспрессия гена.[1] Лизин рибопереключатель наиболее изобилуют Фирмикуты и Гаммапротеобактерии где они обнаружены выше ряда генов, участвующих в биосинтезе, транспорте и катаболизме лизина.[2][3][4] Рибопереключатель лизина также был идентифицирован независимо и назван L-боксом.[5]

Структура

Структура лизинового рибопереключателя была недавно определена.[6][7] Аминокислота лизин связана в кармане, образованном 5-сторонним соединением. Конструкция состоит из трехспирального пучка и двухспирального пучка, соединенных 5-сторонним соединением. Спирали 1 и 2 уложены коллинеарно, как и спирали 4 и 5.

  • Трехмерное изображение рибопереключателя лизина со связанной молекулой лизина в сферах, заполняющих пространство.[6]

Рекомендации

  1. ^ Мандал, М; Boese B; Barrick JE; Winkler WC; Разрушитель RR (2003). «Рибопереключатели контролируют основные биохимические пути в Bacillus subtilis и других бактериях». Клетка. 113 (5): 577–586. Дои:10.1016 / S0092-8674 (03) 00391-X. PMID  12787499.
  2. ^ Сударсан, Н; Wickiser JK; Накамура С; Эберт М.С.; Разрушитель RR (2003). «Структура мРНК в бактериях, которая контролирует экспрессию генов путем связывания лизина». Genes Dev. 17 (21): 2688–2697. Дои:10.1101 / gad.1140003. ЧВК  280618. PMID  14597663.
  3. ^ Родионов Д.А.; Vitreschak AG; Миронов А.А.; Гельфанд М.С. (2003). "Регуляция биосинтеза лизина и транспортных генов у бактерий: еще один рибопереключатель РНК?". Нуклеиновые кислоты Res. 31 (23): 6748–6757. Дои:10.1093 / нар / gkg900. ЧВК  290268. PMID  14627808.
  4. ^ Мукерджи, S; Бараш Д; Sengupta S (2017). «Сравнительная геномика и филогеномный анализ распределения лизиновых рибопереключателей у бактерий». PLoS ONE. 12 (9): e0184314. Дои:10.1371 / journal.pone.0184314. ЧВК  5584792. PMID  28873470.
  5. ^ Гранди, Ф.Дж.; Lehman SC; Хенкин Т.М. (2003). «Реглон L-бокса: восприятие лизина лидерными РНК генов бактериального биосинтеза лизина». Proc Natl Acad Sci USA. 100 (21): 12057–12062. Дои:10.1073 / pnas.2133705100. ЧВК  218712. PMID  14523230.
  6. ^ а б Серганов А., Хуанг Л., Патель Д. Д. (2008). «Структурное понимание связывания аминокислот и контроля генов с помощью лизинового рибопереключателя». Природа. 455 (7217): 1263–1267. Дои:10.1038 / природа07326. ЧВК  3726722. PMID  18784651.
  7. ^ Гарст А.Д., Эру А., Рэмбо Р.П., Бати Р.Т. (август 2008 г.). «Кристаллическая структура элемента мРНК, регулирующего рибопереключатель лизина». Журнал биологической химии. 283 (33): 22347–22351. Дои:10.1074 / jbc.C800120200. ЧВК  2504901. PMID  18593706.

внешняя ссылка