Systrip - Systrip

Systrip
Systrip overview.png
Стабильный выпуск
1.0 / 27 мая 2011 г.
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Операционная системаWindows, Linux
ЛицензияLGPL, GPL
Интернет сайттюльпан.labri.fr/ TulipDrupal/? q = systrip

Systrip представляет собой визуальную среду для анализа данных временных рядов в контексте биологических сетей. Systrip собирает биоинформатические и теоретические алгоритмы графов, которые могут быть собраны различными способами, чтобы помочь биологам в их процессе визуального анализа. Его использовали для анализа различных реальных биологических данных.[1]

Презентация

Systrip разработан в C ++ и основан на Тюльпан, платформа визуализации информации, предназначенная для анализа и визуализации реляционных данных.

Архитектура Tulip модель-представление-контроллер позволяет Systrip поддерживать несколько синхронизированных представлений. Любое взаимодействие с представлением (например, выбор элемента) подразумевает автоматическое обновление всех представлений, отображающих эти данные. В дополнение к алгоритмам и представлениям, разработанным специально для Systrip, система плагинов Tulip позволяет пользователям Systrip получить доступ ко всем доступным плагинам -ins (плагины, интегрированные в выпуски Tulip, но также через сервер плагинов Tulip).

Функции

Вход

  • Импорт и экспорт метаболической сети с использованием формата SBML
  • Данные временного ряда из файла CSV
  • Импортировать данные из файла CSV
  • Загрузить и сохранить состояние сеанса

Манипуляции со структурой

  • Создание и удаление путей
  • Удаление элементов
  • Создание подсети и управление ею (Помогите пользователю сосредоточиться на небольшой части сети)

Визуализация

  • Множественные виды метаболических сетевых представлений (трехмерные, силовые, сохраняющие биологические условности, иерархические ...)
  • Инструменты взаимодействия визуализации (рисование, изгибы ...)
  • Анимация данных временных рядов
  • Визуализация временных рядов в контексте метаболической сети
  • Представления анализа данных (гистограмма, электронная таблица, диаграмма рассеяния, параллельные координаты)
  • 3D молекулярная визуализация

Анализ

  • Алгоритмы анализа тюльпанового графа
    • Степень
    • Центральность посредничества
    • Эксцентриситет
    • Strahler
  • Алгоритмы сетевого анализа
    • Точки заслонки
    • Кратчайший путь (посвященный метаболическим сетям)
    • Выбор объема

Рекомендации

  1. ^ Коупленд, ВБ; Бартли, BA; Чандран, Д; Galdzicki, M; Kim, KH; Sleight, SC; Маранас, компакт-диск; Сауро, HM (май 2012 г.). «Вычислительные средства для метаболической инженерии». Метаболическая инженерия. 14 (3): 270–80. Дои:10.1016 / j.ymben.2012.03.001. ЧВК  3361690. PMID  22629572.

внешняя ссылка

  • Обзор Systrip

  • В контексте визуализации данных временных рядов

  • Трехмерная молекулярная геометрия

  • Макет, сохраняющий биологическую условность

  • Визуализация и анализ данных временных рядов.